TBAE

Yayınlar

2026

Differential conservation analysis identifies residues defining constitutive internalization in beta-adrenergic receptors

Yazarlar: Walker, A.R., Selçuk, B., Erol, I., Durdağı, S., Hanyaloglu, A.C. and Adebali, O.
Yayınlandığı Adres: iScience, 29(3), 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.isci.2026.115033

Conserved 3D genome reorganization during DNA repair

Yazarlar: Kaya, Veysel Oğulcan, Ogün Adebali, Hanspeter Naegeli, and Michelle N. Yancoskie.
Yayınlandığı Adres: Life Science Alliance 9, no. 2 (2026): e202503498.
Yayın Türü: Derleme Makale (Review)
Bağlantı: https://doi.org/10.26508/lsa.202503498

MPXV RNA-seq data provide evidence for protection of viral transcripts from APOBEC3 editing

Yazarlar: Lyskova AO, Abasov RK, Pavlova A, Matveev EV, Madorskaya AV, Kazanov FM, Garshina DV, Smolnikova AE, Ponomarev GV, Sharova EI, Ivankov DN, Adebali O, Gelfand MS, Kazanov MD.
Yayınlandığı Adres: MPXV RNA-seq data provide evidence for protection of viral transcripts from APOBEC3 editing. Journal of Virology, 100(2), pp.e02082-25.
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1128/jvi.02082-25

Digitization of hand-drawn flow charts with deep learning

Yazarlar: Sayar, Ahmet, and Ahmet Fatih Mustacoglu
Yayınlandığı Adres: Signal, Image and Video Processing 20, no. 3 (2026): 134
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1007/s11760-026-05212-w

Mechanisms of proton and α-particle emission in the Cu reaction at 22 MeV

Yazarlar: G. Ussabayeva, T. Zholdybayev, Z. Mukan, B. Sadykov, A. Temirzhanov, Y. Küçük, …, İsmail Boztosun, et al.
Yayınlandığı Adres: Interactions, 247(1), 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1007/s10751-026-02423-y

New measurement and analysis for the 15N + 11B elastic scattering system

Yazarlar: N. Amangeldi, İsmail Boztosun, D. Soldatkhan, B. Mauyey, K. Makhanov, R. Akhat, A. Anuar, G. Yergaliuly
Yayınlandığı Adres: Turkish Journal of Physics, 50(1), 69–78, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.55730/1300-0101.2802

First analytic treatment of keV electronic screening via finite-length nanomeshes: Implications for D + D fusion studies

Yazarlar: Ali İhsan Kılıç, E. Kustan, H. Çiftci, Orkun Hasekioğlu
Yayınlandığı Adres: Modern Physics Letters A, 41(17), 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1142/S0217732326500641

Topological engine monitor: persistent homology-based fault detection in finite-time quantum engines

Yazarlar: Kerem Maden, Miraç, Asghar Ullah, Baris Coskunuzer, and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Quantum Science and Technology 11, no. 4 (2026): 045012.
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/2058-9565/ae98eb

Distribution of Bell State Entanglement in Qubit Networks via Collision Models

Yazarlar: Yunt, Elif, Mert Doğan, Öner Faruk Ödemiş, and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physics Letters A (2026): 132139.
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.physleta.2026.132139

Dissipation-protected energy storage in interacting multilevel quantum batteries

Yazarlar: Yiğit Perçin, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/ct48-85bk

Non-associativity induced modifications of open-system quantum dynamics: General master equation and a two-qubit Ising case study

Yazarlar: Ekin Sıla Yörük, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Zafer Gedik
Yayınlandığı Adres: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical (2026).
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/1751-8121/aea8aa

Collective purification of interacting quantum networks beyond symmetry constraints

Yazarlar: Sur, Saikat, Pritam Chattopadhyay, Arnab Chakrabarti, Nikolaos E. Palaiodimopoulos, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Amit Finkler, Durga Bhaktavatsala Rao Dasari, and Gershon Kurizki.
Yayınlandığı Adres: npj Quantum Information, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://www.nature.com/articles/s41534-026-01228-9

Harnessing Floquet dynamics for selective metrology in few-qubit systems

Yazarlar: Asghar Ullah, Hasan Mermer, Melih Özkurt, Igor Lesanovsky, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physical Review B, 113, 075123, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/l9ms-79hn

Configuration-dependent precision in magnetometry and thermometry using multiqubit quantum sensors

Yazarlar: Asghar Ullah, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Matteo G. A. Paris
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 113(1), 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/zn5v-rcgd

PNcsp+: A Periodic Number-Based Crystal Structure Prediction Method Enhanced by Machine Learning

Yazarlar: Cem Oran, Riccarda Caputo, Pierre Villars, Adem Tekin
Yayınlandığı Adres: Journal of Chemical Theory and Computation, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.6c00044

Spin-glass phases and multichaos in the Ashkin–Teller model

Yazarlar: Alican Saray, A. Nihat Berker
Yayınlandığı Adres: Chaos, Solitons & Fractals, 202, 117458, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.chaos.2025.117458

Blume–Capel model in d= 1 with long-range interactions: Giant reentrance in the finite-temperature tricritical phase diagrams

Yazarlar: E. Can Artun, A. Nihat Berker
Yayınlandığı Adres: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 688, 131387, 2026
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.physa.2026.131387

2025

Methods to study the effect of solution variables on the conformational dynamics of intrinsically disordered proteins

Yazarlar: Hakan Alıcı, Vladimir N. Uversky, Orkid Coşkuner-Weber, Orkun Hasekioğlu
Yayınlandığı Adres: Advances in Protein Molecular and Structural Biology Methods (Elsevier/Academic Press), Bölüm 33, s. 551–563, 2022
Yayın Türü: Kitap Bölümü
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/B978-0-323-90264-9.00033-7

A Wireless Enabled IOT Nondestructive Fatigue Damage Sensor for Estimation of Remaining Useful Service (RUL) of Structures Through Artificial Intelligence-Machine Learning Algorithms

Yazarlar: Kaplan, Halit, ORKUN HASEKIOGLU, TARIK OZKUL, HASAN HUSEYIN CAMUZ, and Mohammad Ikhsan Zakaria
Yayınlandığı Adres: Structural Health Monitoring 2025 (IWSHM Proceedings), DEStech Publications, 2025
Yayın Türü: Konferans Bildirisi
Bağlantı: https://dpi-proceedings.com/index.php/shm2025/article/view/37551

Probing key resonances in the 40Ca(p,γ)41Sc reaction through ANC-constrained DWBA analysis and astrophysical implications

Yazarlar: Kılıç, A. İ., B. Özcan, and O. Hasekioğlu
Yayınlandığı Adres: И ПРИКЛАДНЫЕ ПРОБЛЕМЫ СОВРЕМЕННОЙ ФИЗИКИ FUNDAMENTAL AND APPLIED PROBLEMS OF MODERN PHYSICS, p.80.The Astrophysical Journal, 2025
Yayın Türü: Makale

A Wireless Enabled Nondestructive Damage Tolerant Inspection Fatigue Sensor for Structural Health Monitoring and Prediction of Remaining Useful Fatigue Life of Aircraft Structures

Yazarlar: Kaplan, Halit, Hasan Hüseyin Camuz, Tarık Özkul, and Orkun Hasekioglu
Yayınlandığı Adres: Structural Health Monitoring 2025 (IWSHM Proceedings), DEStech Publications, 2025
Yayın Türü: Konferans Bildirisi
Bağlantı: https://dpi-proceedings.com/index.php/shm2025/article/view/37374

Transcription factors, nucleotide excision repair, and cancer: A review of molecular interplay

Yazarlar: Perihan Yağmur Güneri Sözeri, Ogün Adebali
Yayınlandığı Adres: International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 179, 2025
Yayın Türü: Derleme Makale (Review)
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.biocel.2024.106724

UV-induced reorganization of 3D genome mediates DNA damage response

Yazarlar: Veysel Oğulcan Kaya, Ogün Adebali
Yayınlandığı Adres: Nature Communications, 16, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1038/s41467-024-55724-7

Assessing predictions on fitness effects of missense variants in HMBS in CAGI6

Yazarlar: Jing Zhang, Lisa Kinch, Panagiotis Katsonis, …, Nurdan Kuru, Onur Dereli, Ogün Adebali, …, Qian Cong, Nick V. Grishin
Yayınlandığı Adres: Human Genetics, 144(2–3), 173–189, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1007/s00439-024-02680-3

PHACE: phylogeny-aware detection of molecular coevolution

Yazarlar: Nurdan Kuru, Ogün Adebali
Yayınlandığı Adres: Molecular Biology and Evolution, 42(7), msaf150, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1093/molbev/msaf150

Chromatin context shapes DNA damage formation and nucleotide excision repair dynamics in Caenorhabditis elegans

Yazarlar: Cansu Kose, Cem Azgari, Laura A. Lindsey-Boltz, Ogün Adebali, Aziz Sancar
Yayınlandığı Adres: Nucleic Acids Research, 53(20), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC12585911/

Genome-wide strand-specific UV mutagenesis in Escherichia coli is directed by the Mfd translocase

Yazarlar: Ogün Adebali, Piotr A. Mieczkowski, Aziz Sancar, Christopher P. Selby
Yayınlandığı Adres: Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 122(46), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1073/pnas.2523368122

Yazarlar: A. Santago, A. Bagchi, D. Bieler, I. Cernak, A. Erdik, T. Erlich, …, R. Gupta, et al.
Yayınlandığı Adres: ASME Journal of Engineering and Science in Medical Diagnostics and Therapy, 8(4), 041110, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1115/1.4068927

Electromagnetic Interference Shielding Effectiveness Performance of Various Aluminum Foam/Cellular Structures at C-Band: A Numerical and Experimental Investigation

Yazarlar: Kocakuşak, A. Genç, H. Doğan, Levent Turhan, S. Helhel
Yayınlandığı Adres: Advanced Engineering Materials, 27(18), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1002/adem.202500933

Air side thermal and hydraulic performance assessment of skived, louver, offset honeycomb, and metal foam finned mini-channel heat exchangers

Yazarlar: Doğan, M. Öztürk, Levent Turhan
Yayınlandığı Adres: Engineering Science and Technology, an International Journal, 72, 102242, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.jestch.2025.102242

Prediction of Radio-quiet Gamma-Ray Pulsar Distances Using the Fundamental Plane Relation

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner
Yayınlandığı Adres: The Astrophysical Journal, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.3847/1538-4357/adc914

Galactic transient sources with the Cherenkov Telescope Array Observatory

Yazarlar: K. Abe, S. Abe, E. O. Angüner, et al. (CTAO Consortium)
Yayınlandığı Adres: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, 540(1), 205–238, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1093/mnras/staf655

Statistical analysis and radiological risk assessment of 226Ra, 232Th, 40K, and 137Cs in the sediments of Boğaçay, Antalya

Yazarlar: Özaydın Özkara, İsmail Boztosun, C. Eke
Yayınlandığı Adres: Journal of Radioanalytical and Nuclear Chemistry, 334(10), 7277–7293, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1007/s10967-025-10425-3

One-nucleon transfer reactions in the 20Ne + 76Ge system at Elab=15.3MeV/u

Yazarlar: Linares, E. N. Cardozo, V. A. B. Zagatto, F. Cappuzzello, D. Carbone, M. Cavallaro, İsmail Boztosun, et al. (NUMEN Collaboration)
Yayınlandığı Adres: Physical Review C, 112(3), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/44xl-dkwq

Enhanced alpha decay half-life determination in super-heavy nuclei using a new potential

Yazarlar: Aydın Yıldırım, İsmail Boztosun, Yasemin Küçük, Diana Gusseinova, Dilshod Alimov, Mardan Bakirov
Yayınlandığı Adres: Modern Physics Letters A, 40(26), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1142/S0217732325501007

Status of the NUMEN Construction

Yazarlar: Pierroutsakou, L. Acosta, N. Added, C. Agodi, …, İsmail Boztosun, et al. (NUMEN Collaboration)
Yayınlandığı Adres: EPJ Web of Conferences, 333, 03006, 2025 (46th Symposium on Nuclear Physics, Cocoyoc, Meksika)
Yayın Türü: Konferans Bildirisi
Bağlantı: https://doi.org/10.1051/epjconf/202533303006

Optical model analyses for the elastic scattering of B, Be and Li with C

Yazarlar: D Gusseinova, I Boztosun, Y Kucuk, E Aciksoz, D Alimov.
Yayınlandığı Adres: Advances in Nuclear Science and Applications 1 (1), 17-24
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.63907/ansa.v1i1.24

New measurements of (p,xp) and (p,xα) reactions on 27Al at 7.0, 22.0 and 30.0 MeV

Yazarlar: Gusseinova, G. Ussabayeva, T. K. Zholdybayev, İsmail Boztosun, Y. Küçük, A. J. Koning, et al.
Yayınlandığı Adres: The European Physical Journal A, 61(6), 133, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1140/epja/s10050-025-01603-8

Multi-port coherence element for quantum information device

Yazarlar: İnanç Adagideli
Yayınlandığı Adres: United States Patent Office, U.S. Patent Application No. 19/113,407. 2025
Yayın Türü: Patent

Signature of current-induced nuclear spin polarization in (Bi1−xSbx)2Te3

Yazarlar: Sofie Kölling, İnanç Adagideli, Alexander Brinkman
Yayınlandığı Adres: Physical Review B, 112(4), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/tg8q-q456

Non-Ohmic behavior in (Bi1−xSbx)2Te3 by Joule heating

Yazarlar: Sofie Kölling, Daan H. Wielens, İnanç Adagideli, Alexander Brinkman
Yayınlandığı Adres: Physical Review B, 112(4), 045421, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/7wzz-phfk

Current-induced spin polarization on the surface of a topological insulator

Yazarlar: Sofie Kölling, A. Mert Bozkurt, Stijn Roelant de Wit, Feike van Veen, İnanç Adagideli, Alexander Brinkman
Yayınlandığı Adres: 31st Conference of the EPS Condensed Matter Division (CMD-31), Braga, Portekiz, 2025
Yayın Türü: Konferans Sunumu (Davetli Konuşma)
Bağlantı: https://research.utwente.nl/en/activities/current-induced-spin-polarization-on-the-surface-of-a-topological/

Entropy driven inductive response of topological insulators

Yazarlar: Mert Bozkurt, Sofie Kölling, Alexander Brinkman, İnanç Adagideli
Yayınlandığı Adres: SciPost Physics Core, 8(1), 023, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.21468/SciPostPhysCore.8.1.023

Dataset to 'Crossed Andreev reflection in topological insulator nanowire T junctions'

Yazarlar: Jacob Fuchs, Cosimo Gorini, İnanç Adagideli, Klaus Richter
Yayınlandığı Adres: Universität Regensburg Yayın Sunucusu (epub), 2025
Yayın Türü: Veri Seti / Doküman
Bağlantı: https://doi.org/10.5283/epub.76898

Implications of Mexican hat-like band structure on thermoelectric properties

Yazarlar: Muhammad Hilal, Oğuz Gülseren
Yayınlandığı Adres: Turkish Journal of Physics 49, no. 4 (2025): 159-168.
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.55730/1300-0101.2782

Analysis of astrophysical 26Mg(n,γ)27Mg reaction via the asymptotic normalization coefficient method

Yazarlar: Ali İhsan Kılıç
Yayınlandığı Adres: Modern Physics Letters A, 39(02), 2350188, 2024
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1142/S0217732323501882

Direct measurement of the 19F(p,α)16O reaction using the LHASA detector array

Yazarlar: Petruse, G. L. Guardo, D. Lattuada, M. La Cognata, D. L. Balabanski, E. Açıksöz, L. Acosta, …, A. İ. Kılıç, et al.
Yayınlandığı Adres: The European Physical Journal A, 61(1), 4, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1140/epja/s10050-024-01462-9

Analysis of Astrophysical 30Si(n, γ)31Si Reaction via the Asymptotic Normalization Coefficient Method

Yazarlar: Ali İhsan Kılıç
Yayınlandığı Adres: JETP Letters, 122(2), 82–88, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1134/S0021364025605883

Optimal strategies for transient and equilibrium quantum thermometry using Gaussian and non-Gaussian probes

Yazarlar: Asghar Ullah, M. Tahir Naseem, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 112, 062601, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/62ks-19fs

Optimizing quantum sensing networks via genetic algorithms and deep learning

Yazarlar: Asghar Ullah, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Matteo G. A. Paris
Yayınlandığı Adres: Quantum Science and Technology, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/2058-9565/ae2d8e

Classical simulation of an all-optical Toffoli gate using soliton scattering through asymmetric potential wells

Yazarlar: Melih Özkurt, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 112(4), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/y6sc-bzk5

Steady-state entanglement generation via Casimir-Polder interactions
  • Yazarlar: Mohsen Izadyari, Onur Pusuluk, Kanu Sinha, Özgür E. Müstecaplıoğlu
  • Yayınlandığı Adres: Scientific Reports, 15, 37105, 2025
  • Yayın Türü: Makale
  • Bağlantı: https://doi.org/10.1038/s41598-025-21067-6
Performance Analysis of a Two-Mode Micromaser Quantum Battery

Yazarlar: Kowsar Al-Sadat Mousavitaha, Varinder Singh, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Advanced Quantum Technologies, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1002/qute.202500441

Spin squeezing enhanced quantum magnetometry with nitrogen-vacancy center qutrits

Yazarlar: Lea Gassab, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: New Journal of Physics, 27(8), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/1367-2630/adf87b

Quantum thermal machine as a rectifier

Yazarlar: M. Santiago-García, Onur Pusuluk, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Barış Çakmak, R. Román-Ancheyta
Yayınlandığı Adres: Quantum Science and Technology, 10(2), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/2058-9565/adaee0

Concept for motion sensing using atomic optical memories

Yazarlar: Arash Ahmadi, Yağız Murat, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Pei-Chen Kuan, Mustafa Gündoğan, Markus Krutzik
Yayınlandığı Adres: Research Directions: Quantum Technologies, 3, e2, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1017/qut.2024.7

Quantum Models of Consciousness from a Quantum Information Science Perspective

Yazarlar: Lea Gassab, Onur Pusuluk, Marco Cattaneo, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Entropy, 27(3), 243, 2025
Yayın Türü: Makale (Perspektif)
Bağlantı: https://doi.org/10.3390/e27030243

Quantum Thermometry for Ultra-Low Temperatures Using Probe and Ancilla Qubit Chains

Yazarlar: Asghar Ullah, Vipul Upadhyay, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Entropy, 27(2), 204, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.3390/e27020204

Single-qubit probes for temperature estimation in the presence of collective baths

Yazarlar: Asghar Ullah, Marco Cattaneo, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 111(6), 062201, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/PhysRevA.111.062201

Near-surface quantum sensing

Yazarlar: Mohsen Izadyari, Ali Pedram, Lea Gassab, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Kanu Sinha
Yayınlandığı Adres: Proceedings of SPIE, Vol. 13392 (Quantum Sensing, Imaging, and Precision Metrology III), 2025
Yayın Türü: Konferans Bildirisi
Bağlantı: https://doi.org/10.1117/12.3047680

Non-Markovianity and a generalized Landauer bound for a minimal quantum autonomous thermal machine with a work qubit

Yazarlar: Khoudiri, A. El Allati, Özgür E. Müstecaplıoğlu, K. El Anouz
Yayınlandığı Adres: Physical Review E, 111(4), 044124, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/PhysRevE.111.044124

Polaron catastrophe within quantum acoustics

Yazarlar: Alhun Aydın, Joonas Keski-Rahkonen, Anton M. Graf, Shaobing Yuan, Xiao-Yu Ouyang, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Eric J. Heller
Yayınlandığı Adres: Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 122(23), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1073/pnas.2426518122

Quantum metrology of a structured reservoir

Yazarlar: Youssef Aiache, Asghar Ullah, Özgür E. Müstecaplıoğlu, Abderrahim El Allati
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 111(6), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/ypp6-5bt9

Global dynamics behind enzyme catalysis, evolution, and design

Yazarlar: Burcu Aykaç Fas, Zeynep Ece Akbaş Buz, Türkan Haliloğlu
Yayınlandığı Adres: Current Opinion in Structural Biology, 94, 103131, 2025
Yayın Türü: Derleme Makale (Mini-review)
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2025.103131

Deciphering Allosteric Disease Mutations Through Intrinsic Dynamics

Yazarlar: Berat Kaşkaloğlu, Özge Duman, Yiğit Kutlu, Türkan Haliloğlu
Yayınlandığı Adres: Journal of Molecular Biology, 437(20), 169326, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2025.169326

Insights into therapeutic discovery through the Kelch domain structure of Keap1 at ambient temperature

Yazarlar: Merve Yılmaz, Serra Tavlı, Belgin Sever, Türkan Haliloğlu, Hasan Demirci, et al.
Yayınlandığı Adres: Turkish Journal of Biology, 49(3), 247–260, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.55730/1300-0152.2742

Computational and experimental mapping of the allosteric network of two manganese ABC transporters

Yazarlar: Özge Duman, Anastasiya Kuznetsova, Nurit Livnat Levanon, Moti Grupper, Ayça Ersoy, Burçin Acar, Amit Kessel, Nir Ben-Tal, Oded Lewinson, Türkan Haliloğlu
Yayınlandığı Adres: Protein Science, 34(2), e70039, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1002/pro.70039

Pseudo-hermiticity, anti-pseudo-hermiticity, and generalized parity-time-reversal symmetry at exceptional points

Yazarlar: Nil İnce, Hasan Mermer, Ali Mostafazadeh
Yayınlandığı Adres: Journal of Mathematical Physics, 66(9), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1063/5.0264120

Low-Frequency Scattering of TE and TM Waves by an Inhomogeneous Medium with Planar Symmetry

Yazarlar: Farhang Loran, Ali Mostafazadeh, Cem Yetişmişoğlu
Yayınlandığı Adres: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 58(39), 395202, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1088/1751-8121/ae0848

Dynamical formulation of low-frequency scattering in two and three dimensions

Yazarlar: Farhang Loran, Ali Mostafazadeh
Yayınlandığı Adres: Physical Review A, 111(3), 032215, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/PhysRevA.111.032215

Hydrogen storage in transition metal-loaded MCM-41: an integrated density functional theory and Monte Carlo simulation investigation

Yazarlar: Deniz Karataş, Adem Tekin
Yayınlandığı Adres: Adsorption, 31(8), 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1007/s10450-025-00659-8

Organic Cation Orientation Preferences in Hybrid Lead Halide Perovskites

Yazarlar: Somayyeh Alidoust, Adem Tekin
Yayınlandığı Adres: Advanced Theory and Simulations, 9, e01645, 2026 (çevrimiçi 2025)
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1002/adts.202501645

Discovering novel lead-free mixed cation hybrid halide perovskites via machine learning

Yazarlar: Fatemeh Jamalinabijan, Somayyeh Alidoust, Gözde İniş Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Adres: Physical Chemistry Chemical Physics, 27(14), 7389–7398, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1039/d4cp04218b

6-point tripled Ashkin–Teller global phase diagrams in two and three dimensions

Yazarlar: Deniz İpek Zeynioğlu, A. Nihat Berker
Yayınlandığı Adres: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 680, 131049, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.physa.2025.131049

Multiplicity of algebraic order from fixed lines of potential surfaces: XY-Ashkin-Teller in spatial dimension d=2

Yazarlar: Can Artun, A. Nihat Berker
Yayınlandığı Adres: Physical Review E, 112, 024126, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1103/32g1-nvbt

XY-Ashkin–Teller phase diagram in d=3

Yazarlar: Alpar Türkoğlu, A. Nihat Berker
Yayınlandığı Adres: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 674, 130715, 2025
Yayın Türü: Makale
Bağlantı: https://doi.org/10.1016/j.physa.2025.130715

Entropy driven inductive response of topological insulators

Yazarlar: A. Mert Bozkurt, Sofie Kölling, Alexander Brinkman, İnanç Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Phys.
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2024

Factors Affecting the Electron Conductivity in Single Crystal Li7La3Zr2O12 and Li7P3S11

Yazarlar: Samet Demir, Adem Tekin, Yu-Te Chan, Christoph Scheurer, Karsten Reuter, Alan C. Luntz and Johannes Voss
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Signature of topology via heat transfer analysis in the Su–Schrieffer–Heeger (SSH) model

Yazarlar: Vipul Upadhyay, M. Tahir Naseem, Özgür E. Müstecaplıoğlu and Rahul Marathe
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prospects for γ-ray observations of the Perseus galaxy cluster with the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Abe, Koya, et al.
Yayınlandığı Yer: Journal of cosmology and astroparticle physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Mixing thermal coherent states for precision and range enhancement in quantum thermometry

Yazarlar: Asghar Ullah, M. Tahir Naseem and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Quantum Science and Technology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prospects for a survey of the galactic plane with the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Abe, Shinsuke, et al.
Yayınlandığı Yer: Journal of Cosmology and Astroparticle Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

PHACTboost: A Phylogeny-Aware Pathogenicity Predictor for Missense Mutations via Boosting

Yazarlar: Onur Dereli, Nurdan Kuru, Emrah Akkoyun, Aylin Bircan, Oznur Tastan, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: Molecular Biology and Evolution
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Conditions on detecting tripartite entangled state in psychophysical experiments

Yazarlar: Lea Gassab, Ali Pedram and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: EPJ Plus
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Light-Harvesting Lead-Free Mixed Cation Hybrid Halide Perovskites: A Density Functional Theory-Based Computational Screening Study

Yazarlar: Somayyeh Alidoust, Fatemeh Jamalinabijan, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: ACS Applied Energy Materials
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Cross-species investigation into the requirement of XPA for nucleotide excision repair

Yazarlar: Cansu Kose, Xuemei Cao, Evan B Dewey, Mustafa Malkoç, Ogün Adebali, Jeff Sekelsky, Laura A. Lindsey-Boltz, Aziz Sancar
Yayınlandığı Yer: Nucleic Acids Research
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Phase Prediction via Crystal Structure Similarity in the Periodic Number Representation

Yazarlar: Cem Oran, Riccarda Caputo, Pierre Villars, Hasan Bilal Özcü, Feraye Hatice Canbaz, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Inorganic Chemistry
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum estimation of the stokes vector rotation for a general polarimetric transformation

Yazarlar: Ali Pedram, Vira R Besaga, Lea Gassab, Frank Setzpfandt and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Dynamics of transcription-coupled repair of cyclobutane pyrimidine dimers and (6-4) photoproducts in Escherichia coli

Yazarlar: Ogϋn Adebali, Aziz Sancar, and Christopher P. Selby
Yayınlandığı Yer: PNAS
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum scars and caustics in Majorana billiards

Yazarlar: R. Johanna Zijderveld, A. Mert Bozkurt, Michael Wimmer, İnanç Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Nonlocality Enhanced Precision in Quantum Polarimetry via Entangled Photons

Yazarlar: Ali Pedram, Vira R. Besaga, Frank Setzpfandt, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Advanced Quantum Technologies
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Optimization of CHARMM force field parameters for ryanodine receptor inhibitory drug dantrolene using FFTK and FFParam

Yazarlar: Saliha Nur Uludag, Cemil Can Saylan, Adem Tekin & Sefer Baday
Yayınlandığı Yer: Journal of Molecular Modeling
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The expected potential of hadronic PeVatron searches with spectral γ-ray data from the Southern Wide-field Gamma-ray Observatory

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner, Tülün Ergin
Yayınlandığı Yer: Astroparticle Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Pybkgmodel - a background modelling toolbox for the CTA

Yazarlar: Strzys, Marcel C., et al
Yayınlandığı Yer: 38th International Cosmic Ray Conference
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Engineering Four-Qubit Fuel States for Protecting Quantum Thermalization Machine from Decoherence

Yazarlar: Fatih Ozaydin, Ramita Sarkar, Veysel Bayrakci, Cihan Bayındır, Azmi Ali Altintas and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Information 2024
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Evolutionary history of calcium-sensing receptors unveils hyper/hypocalcemia-causing mutations

Yazarlar: Aylin Bircan, Nurdan Kuru, Onur Dereli, Berkay Selçuk, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: PLOS Computational Biology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Fundamentals and Applications of Heat Currents in Quantum Systems

Yazarlar: Naseem, M. Tahir, and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: International Conference on Frontiers of Fundamental Physics
Yayın Türü: Konferans Makalesi

2023

On the role of initial coherence in the spin phase-space entropy production rate

Yazarlar: Giorgio Zicari, Barış Çakmak, Özgür Esat Müstecaplıoğlu and Mauro Paternostro
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A quantum Otto engine with shortcuts to thermalization and adiabaticity

Yazarlar: A. Pedram, S. C. Kadıoğlu, A. Kabakçıoğlu and Ö. E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A compendious review of majorization-based resource theories: quantum information and quantum thermodynamics

Yazarlar: Gökhan Torun, Onur Pusuluk, Özgür Esat Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Turkish Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Coherence, superposition, and Löwdin symmetric orthogonalization

Yazarlar: Gökhan Torun
Yayınlandığı Yer: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Experimental and Ab-Initio Investigation of the Electrical Conductivity of Emeraldine Salt

Yazarlar: Zeynep Ergönenç Yavas, Duygu Cevher, Hasan Töre Silis, Ali Cirpan, Oğuz Gülseren, Cesare Franchini
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Exploring the high energy frontiers of the Milky Way with ground-based gamma-ray astronomy: PeVatrons and the quest for the origin of Galactic cosmic-rays

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner
Yayınlandığı Yer: Turkish Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Hydrogen Storage in Trimetallic Borohydrides: a Crystal Structure Prediction and Ab Initio Molecular Dynamics Simulations Study

Yazarlar: Samet Demir, Mostafa Torkashvand, Shirzad Jouybar, Zahra Nikfarjam, Farshid Zargari, Saeedeh Sarabadani Tafreshi, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Sensitivity of the Cherenkov Telescope Array to TeV photon emission from the Large Magellanic Cloud

Yazarlar: Acharyya, Atreya, et al.
Yayınlandığı Yer: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Deciphering the dynamic codes: Advances in biomolecular modeling and simulation

Yazarlar: Gregory A Voth, Türkan Haliloğlu
Yayınlandığı Yer: Current opinion in structural biology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Stable and metastable crystal structures and ammonia dynamics in strontium chloride ammines

Yazarlar: Samet Demir, Gözde İniş Demir, Mehmet Çankaya, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Physical Chemistry Chemical Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prototype Open Event Reconstruction Pipeline for the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Maximilian Linhoff, Lukas Beiske, Noah Biederbeck, Stefan Fröse, Karl Kosack and Lukas Nicke
Yayınlandığı Yer: 38th International Cosmic Ray Conference
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Dynamical spin-orbit-based spin transistor

Yazarlar: Fahriye N. Gürsoy, P. Reck, C. Gorini, K. Richter, I. Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Phys.
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Terrestrial Very-Long-Baseline Atom Interferometry: Workshop Summary

Yazarlar: Abend, S., et al.
Yayınlandığı Yer: Theoretical Physics Group
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Search for the Galactic accelerators of cosmic rays up to the knee with the Pevatron test statistic

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner, Gerrit Spengler, Elena Amato, Sabrina Casanova
Yayınlandığı Yer: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The interplay of 3D genome organization with UV-induced DNA damage and repair

Yazarlar: Ümit Akköse, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: JBC Communication
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The Mfd protein is the transcription-repair coupling factor (TRCF) in Mycobacterium smegmatis

Yazarlar: Ogun Adebali, Yanyan Yang, Pradeep Neupane, Nneka I. Dike, Julia L. Boltz, Cansu Kose, Miriam Braunstein, Christopher P. Selby, Aziz Sancar, Laura A. Lindsey-Boltz
Yayınlandığı Yer: Journal of Biological Chemistry
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Downregulated NPAS4 in multiple brain regions is associated with major depressive disorder

Yazarlar: Berkay Selçuk, Tuana Aksu, Onur Dereli & Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: Scientific Reports
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2022

Classical and quantum orbital correlations in molecular electronic states

Yazarlar: Onur Pusuluk, Mahir H Yeşiller, Gökhan Torun, Özgür E Müstecaplıoğlu, Ersin Yurtsever and Vlatko Vedral
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2D-FFCASP—A New Approach for 2D Structure Prediction Applied to Self-Assemblies of DNA Bases

Yazarlar: Gözde İniş Demir, Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Advanced Theory and Simulations
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Equiatomic binary phases of Copper-Rare Earth Elements. An overview of monocuprides from first-principles calculations

Yazarlar: Dr. Riccarda Caputo, Cem Oran, Prof. Dr. Adem Tekin, Dr. Pierre Villars
Yayınlandığı Yer: ChemPhysChem
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Engineering entanglement between resonators by hot environment

Yazarlar: M. Tahir Naseem and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Quantum Science and Technology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum signatures in a quadratic optomechanical heat engine with an atom in a tapered trap

Yazarlar: Mohsen Izadyari, Mehmet Öncü, Kadir Durak, and Özgür E. Müstecaplioğlu
Yayınlandığı Yer: Journal of the Optical Society of America B
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Environment-Assisted Modulation of Heat Flux in a Bio-Inspired System Based on Collision Model

Yazarlar: Ali Pedram, Barış Çakmak and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Entropy 2022
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A novel phylogeny-dependent coevolution algorithm

Yazarlar: Kuru, Nurdan and Adebali, Ogün
Yayınlandığı Yer: 15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics HIBIT’22
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Reproducible and scalable data analysis on high performance computing

Yazarlar: Akkoyun Emrah, Kuru Nurdan, Dereli Onur, Bircan Aylin, Taştan Öznur and Adebali Ogün
Yayınlandığı Yer: 15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics HIBIT’22
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Effects of replication domains on genome-wide UV-induced DNA damage and repair

Yazarlar: Yanchao Huang, Cem Azgari, Mengdie Yin, Yi-Ying Chiou, Laura A. Lindsey-Boltz, Aziz Sancar, Jinchuan Hu, Ogun Adebali
Yayınlandığı Yer: PLoS genetics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2021

Crystal Structure Prediction and Dehydrogenation Mechanism of LiMg(BH4)3(NH3)2

Yazarlar: Gözde İniş Demir, Riccarda Caputo, Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

FFCASP: A Massively Parallel Ctructure Prediction Algoritrystal Shm

Yazarlar: Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Journal of Chemical Theory and Computation
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Hızlı Bağlantılar

Haberler
Kariyer
Bilim Söyleşileri
Main Menu
Bizi Takip Edin
Linkedin Instagram Youtube X-twitter Facebook

© 2026 TÜBİTAK TBAE | Her Hakkı Saklıdır.