TBAE

Yayınlar

2025

Entropy driven inductive response of topological insulators

Yazarlar: A. Mert Bozkurt, Sofie Kölling, Alexander Brinkman, İnanç Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Phys.
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2024

Factors Affecting the Electron Conductivity in Single Crystal Li7La3Zr2O12 and Li7P3S11

Yazarlar: Samet Demir, Adem Tekin, Yu-Te Chan, Christoph Scheurer, Karsten Reuter, Alan C. Luntz and Johannes Voss
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Signature of topology via heat transfer analysis in the Su–Schrieffer–Heeger (SSH) model

Yazarlar: Vipul Upadhyay, M. Tahir Naseem, Özgür E. Müstecaplıoğlu and Rahul Marathe
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prospects for γ-ray observations of the Perseus galaxy cluster with the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Abe, Koya, et al.
Yayınlandığı Yer: Journal of cosmology and astroparticle physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Mixing thermal coherent states for precision and range enhancement in quantum thermometry

Yazarlar: Asghar Ullah, M. Tahir Naseem and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Quantum Science and Technology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prospects for a survey of the galactic plane with the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Abe, Shinsuke, et al.
Yayınlandığı Yer: Journal of Cosmology and Astroparticle Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

PHACTboost: A Phylogeny-Aware Pathogenicity Predictor for Missense Mutations via Boosting

Yazarlar: Onur Dereli, Nurdan Kuru, Emrah Akkoyun, Aylin Bircan, Oznur Tastan, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: Molecular Biology and Evolution
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Conditions on detecting tripartite entangled state in psychophysical experiments

Yazarlar: Lea Gassab, Ali Pedram and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: EPJ Plus
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Light-Harvesting Lead-Free Mixed Cation Hybrid Halide Perovskites: A Density Functional Theory-Based Computational Screening Study

Yazarlar: Somayyeh Alidoust, Fatemeh Jamalinabijan, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: ACS Applied Energy Materials
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Cross-species investigation into the requirement of XPA for nucleotide excision repair

Yazarlar: Cansu Kose, Xuemei Cao, Evan B Dewey, Mustafa Malkoç, Ogün Adebali, Jeff Sekelsky, Laura A. Lindsey-Boltz, Aziz Sancar
Yayınlandığı Yer: Nucleic Acids Research
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Phase Prediction via Crystal Structure Similarity in the Periodic Number Representation

Yazarlar: Cem Oran, Riccarda Caputo, Pierre Villars, Hasan Bilal Özcü, Feraye Hatice Canbaz, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Inorganic Chemistry
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum estimation of the stokes vector rotation for a general polarimetric transformation

Yazarlar: Ali Pedram, Vira R Besaga, Lea Gassab, Frank Setzpfandt and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Dynamics of transcription-coupled repair of cyclobutane pyrimidine dimers and (6-4) photoproducts in Escherichia coli

Yazarlar: Ogϋn Adebali, Aziz Sancar, and Christopher P. Selby
Yayınlandığı Yer: PNAS
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum scars and caustics in Majorana billiards

Yazarlar: R. Johanna Zijderveld, A. Mert Bozkurt, Michael Wimmer, İnanç Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Nonlocality Enhanced Precision in Quantum Polarimetry via Entangled Photons

Yazarlar: Ali Pedram, Vira R. Besaga, Frank Setzpfandt, Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Advanced Quantum Technologies
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Optimization of CHARMM force field parameters for ryanodine receptor inhibitory drug dantrolene using FFTK and FFParam

Yazarlar: Saliha Nur Uludag, Cemil Can Saylan, Adem Tekin & Sefer Baday
Yayınlandığı Yer: Journal of Molecular Modeling
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The expected potential of hadronic PeVatron searches with spectral γ-ray data from the Southern Wide-field Gamma-ray Observatory

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner, Tülün Ergin
Yayınlandığı Yer: Astroparticle Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Pybkgmodel - a background modelling toolbox for the CTA

Yazarlar: Strzys, Marcel C., et al
Yayınlandığı Yer: 38th International Cosmic Ray Conference
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Engineering Four-Qubit Fuel States for Protecting Quantum Thermalization Machine from Decoherence

Yazarlar: Fatih Ozaydin, Ramita Sarkar, Veysel Bayrakci, Cihan Bayındır, Azmi Ali Altintas and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Information 2024
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Evolutionary history of calcium-sensing receptors unveils hyper/hypocalcemia-causing mutations

Yazarlar: Aylin Bircan, Nurdan Kuru, Onur Dereli, Berkay Selçuk, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: PLOS Computational Biology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Fundamentals and Applications of Heat Currents in Quantum Systems

Yazarlar: Naseem, M. Tahir, and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: International Conference on Frontiers of Fundamental Physics
Yayın Türü: Konferans Makalesi

2023

On the role of initial coherence in the spin phase-space entropy production rate

Yazarlar: Giorgio Zicari, Barış Çakmak, Özgür Esat Müstecaplıoğlu and Mauro Paternostro
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A quantum Otto engine with shortcuts to thermalization and adiabaticity

Yazarlar: A. Pedram, S. C. Kadıoğlu, A. Kabakçıoğlu and Ö. E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A compendious review of majorization-based resource theories: quantum information and quantum thermodynamics

Yazarlar: Gökhan Torun, Onur Pusuluk, Özgür Esat Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Turkish Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Coherence, superposition, and Löwdin symmetric orthogonalization

Yazarlar: Gökhan Torun
Yayınlandığı Yer: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Experimental and Ab-Initio Investigation of the Electrical Conductivity of Emeraldine Salt

Yazarlar: Zeynep Ergönenç Yavas, Duygu Cevher, Hasan Töre Silis, Ali Cirpan, Oğuz Gülseren, Cesare Franchini
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Exploring the high energy frontiers of the Milky Way with ground-based gamma-ray astronomy: PeVatrons and the quest for the origin of Galactic cosmic-rays

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner
Yayınlandığı Yer: Turkish Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Hydrogen Storage in Trimetallic Borohydrides: a Crystal Structure Prediction and Ab Initio Molecular Dynamics Simulations Study

Yazarlar: Samet Demir, Mostafa Torkashvand, Shirzad Jouybar, Zahra Nikfarjam, Farshid Zargari, Saeedeh Sarabadani Tafreshi, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Sensitivity of the Cherenkov Telescope Array to TeV photon emission from the Large Magellanic Cloud

Yazarlar: Acharyya, Atreya, et al.
Yayınlandığı Yer: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Deciphering the dynamic codes: Advances in biomolecular modeling and simulation

Yazarlar: Gregory A Voth, Türkan Haliloğlu
Yayınlandığı Yer: Current opinion in structural biology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Stable and metastable crystal structures and ammonia dynamics in strontium chloride ammines

Yazarlar: Samet Demir, Gözde İniş Demir, Mehmet Çankaya, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Physical Chemistry Chemical Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Prototype Open Event Reconstruction Pipeline for the Cherenkov Telescope Array

Yazarlar: Maximilian Linhoff, Lukas Beiske, Noah Biederbeck, Stefan Fröse, Karl Kosack and Lukas Nicke
Yayınlandığı Yer: 38th International Cosmic Ray Conference
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Dynamical spin-orbit-based spin transistor

Yazarlar: Fahriye N. Gürsoy, P. Reck, C. Gorini, K. Richter, I. Adagideli
Yayınlandığı Yer: SciPost Phys.
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Terrestrial Very-Long-Baseline Atom Interferometry: Workshop Summary

Yazarlar: Abend, S., et al.
Yayınlandığı Yer: Theoretical Physics Group
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Search for the Galactic accelerators of cosmic rays up to the knee with the Pevatron test statistic

Yazarlar: Ekrem Oğuzhan Angüner, Gerrit Spengler, Elena Amato, Sabrina Casanova
Yayınlandığı Yer: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The interplay of 3D genome organization with UV-induced DNA damage and repair

Yazarlar: Ümit Akköse, Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: JBC Communication
Yayın Türü: Dergi Makalesi

The Mfd protein is the transcription-repair coupling factor (TRCF) in Mycobacterium smegmatis

Yazarlar: Ogun Adebali, Yanyan Yang, Pradeep Neupane, Nneka I. Dike, Julia L. Boltz, Cansu Kose, Miriam Braunstein, Christopher P. Selby, Aziz Sancar, Laura A. Lindsey-Boltz
Yayınlandığı Yer: Journal of Biological Chemistry
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Downregulated NPAS4 in multiple brain regions is associated with major depressive disorder

Yazarlar: Berkay Selçuk, Tuana Aksu, Onur Dereli & Ogün Adebali
Yayınlandığı Yer: Scientific Reports
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2022

Classical and quantum orbital correlations in molecular electronic states

Yazarlar: Onur Pusuluk, Mahir H Yeşiller, Gökhan Torun, Özgür E Müstecaplıoğlu, Ersin Yurtsever and Vlatko Vedral
Yayınlandığı Yer: New Journal of Physics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2D-FFCASP—A New Approach for 2D Structure Prediction Applied to Self-Assemblies of DNA Bases

Yazarlar: Gözde İniş Demir, Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Advanced Theory and Simulations
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Equiatomic binary phases of Copper-Rare Earth Elements. An overview of monocuprides from first-principles calculations

Yazarlar: Dr. Riccarda Caputo, Cem Oran, Prof. Dr. Adem Tekin, Dr. Pierre Villars
Yayınlandığı Yer: ChemPhysChem
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Engineering entanglement between resonators by hot environment

Yazarlar: M. Tahir Naseem and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Quantum Science and Technology
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Quantum signatures in a quadratic optomechanical heat engine with an atom in a tapered trap

Yazarlar: Mohsen Izadyari, Mehmet Öncü, Kadir Durak, and Özgür E. Müstecaplioğlu
Yayınlandığı Yer: Journal of the Optical Society of America B
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Environment-Assisted Modulation of Heat Flux in a Bio-Inspired System Based on Collision Model

Yazarlar: Ali Pedram, Barış Çakmak and Özgür E. Müstecaplıoğlu
Yayınlandığı Yer: Entropy 2022
Yayın Türü: Dergi Makalesi

A novel phylogeny-dependent coevolution algorithm

Yazarlar: Kuru, Nurdan and Adebali, Ogün
Yayınlandığı Yer: 15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics HIBIT’22
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Reproducible and scalable data analysis on high performance computing

Yazarlar: Akkoyun Emrah, Kuru Nurdan, Dereli Onur, Bircan Aylin, Taştan Öznur and Adebali Ogün
Yayınlandığı Yer: 15th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics HIBIT’22
Yayın Türü: Konferans Makalesi

Effects of replication domains on genome-wide UV-induced DNA damage and repair

Yazarlar: Yanchao Huang, Cem Azgari, Mengdie Yin, Yi-Ying Chiou, Laura A. Lindsey-Boltz, Aziz Sancar, Jinchuan Hu, Ogun Adebali
Yayınlandığı Yer: PLoS genetics
Yayın Türü: Dergi Makalesi

2021

Crystal Structure Prediction and Dehydrogenation Mechanism of LiMg(BH4)3(NH3)2

Yazarlar: Gözde İniş Demir, Riccarda Caputo, Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: The Journal of Physical Chemistry C
Yayın Türü: Dergi Makalesi

FFCASP: A Massively Parallel Ctructure Prediction Algoritrystal Shm

Yazarlar: Samet Demir, Adem Tekin
Yayınlandığı Yer: Journal of Chemical Theory and Computation
Yayın Türü: Dergi Makalesi

Ara